융합체 포켓몬을 지닌 상태에서 클래식 모드를 클리어하면 해금되는 모드이다. 스타팅 선택은 두 융합체 포켓몬 중 첫번째 종만 지정할 수 있고, 두번째 종은 랜덤으로 설정되어 시작해 상대하는 포켓몬들도 전부 융합체 상태로 등장하여 랜덤성이 일반 모드보다 훨씬 커진다.

풀 타입답게 쓸만한 변화기들을 여럿 보유하고 있다는 유틸성이 건재하다는 점도 나머지와의 차이점.

거꾸로 배틀 룰이 적용되는 챌린지는 그 특성상 일반 클래식과 밸런스와 공략법이 아예 다르다. 추천되는 공략법은 단일 노말 타입의 메인 딜러에게 캐리롤을 맡기는 것. 단일 노말 타입은 거꾸로 룰에서는 반감이나 무효로 때리는 타입이 없으며, 약점은 하나밖에 없는 사기 타입 으로 돌변하기 때문에 난이도가 대폭 내려간다.

돈을 주고 아이템을 리롤할 수도 있으나, 리롤값이 초중반에는 꽤나 부담되는 편이다.

다만 챌린지 조건을 만족하지 않는 포켓몬을 엔트리에 넣은 채 무한다이노를 쓰러트렸을 경우에는 해당 포켓몬들 또한 클리어한 것으로 취급해 첫 클리어 시의 알 바우처는 지급된다.

만약 매번 접속하셔서 플레이 하는 게 귀찮으시면 컴퓨터나 핸드폰에 설치해 포케로그를 이어하시는 방법도 있습니다.

본격적인 도주런을 개시하면서부터 빛을 발하게 되는데, 에이스 포켓몬조차 배틀에 이기기 힘들어지기때문에 낮은 능력치는 큰 문제가 되지 않으며 되려 저주+소금절이 콤보 이후 내보내 도트딜로 보스 포켓몬이 자멸하는 동안 버티는 역할로 대활약하게 된다.

다만 초보자에게 추천되지 않을 뿐, 일부 포켓몬은 알까기로만 획득할 수 있고, 필드에서 나오는 일반 포켓몬이라도 몇몇 포켓몬들은 다른 포켓몬 수십 번 볼 동안 몇 번 못 볼 정도로 출현률 편차가 굉장히 심하기 때문에 극한의 이로치 파밍에 관심 있는 유저들의 선택지로 애용되고 있다.

또한 포켓로그만의 고유한 스타팅 수집 + 알 까기 시스템이나 색이 다른 포켓몬 및 날마다 변경되는 포켓러스 대상 포켓몬 시스템과 특유의 중첩형 개체치 등 반복 플레이를 즐겁게 권장하는 풍부한 수집 요소까지 갖추고 있는 덕에 제대로 파고들기를 할 경우 플레이 타임이 얼마든지 길어질 수 있다. 각종 click here 포켓몬의 클리어를 도전하며 리본을 달아주고 바우처를 얻어 스타팅 포켓몬, 알 기술, 사탕을 얻으며 보다 다양한 플레이 방식을 개척하며 새로운 플레이에 도전할 수 있다.

무조건 잡아야 개체 값이 높은 몬스터도 나오고, 그러다 보면서 좋은 캐릭터로 바꿔 타면서 하실 수가 있다보니까 초반에는 그냥 일단 몬스터를 많이 던지면서 잡는 것을 추천드려요.

지도 아이템을 얻은 경우, 특정 맵들은 일정 확률로 선택지에 등장하며, 지도 아이템이 없다면 일정 확률로 (보이지 않는) 선택지에 추가되며, 리스트에 있는 선택지들 중 랜덤으로 바이옴이 선택된다.

다음의 특성을 가진 포켓몬이 존재: 근성, 속보, 이상한비늘, 매직가드, 열폭주(화염구슬), 독폭주(맹독구슬), 포이즌힐(맹독구슬)

포켓몬을 회복시키기 위해서는 어떻게든 배틀에서 승리해야 한다는 뜻. 이 때문에 포켓로그에서는 '내 포켓몬에게 공격이 들어오기도 전에' 상대 포켓몬을 먼저 한 방에 기절시키는 배틀 방식이 선호되며, 본편보다 열매의 사용 빈도가 소소하게 오르기도 했다. 그래서 난도는 체감상 여타 게임보다 더욱 어렵다.

총대장 - 한 마리가 죽었을 때만 능력 변화가 적용되고 그 다음부터 적용되지 않음.